אהבת ארץ ישראל היה טבועה ברב נסים. כפי שסיפרנו בעבר, הרב נסים עלה לארץ ישראל מבגדד עם הוריו כשהיה בן 10 שנים, אך חזר לשם כשהיה בן 18 כדי ללמוד תורה בישיבתו של הרב שמעון אגסי. בבגדד התחתן יצחק נסים הצעיר עם אשתו ויקטוריה והיה לאחד ממנהיגי הקהילה היהודית, אך המשיך להתגעגע לארץ ישראל.
בשנת תרפ"ב (1922), בעודו בבגדד, קנה הרב נסים חלקת קרקע באחת השכונות המרוחקות של ירושלים דאז, שכונת רוחמה, ושנים מספר לאחר מכן חזר לירושלים לבנות בה את ביתו ולהשתקע בה.
לאחר שהתמנה לתפקיד הרב הראשי והראשון לציון ראה הרב נסים כחלק מתפקידו את חיזוק הקשר בין עם ישראל לארץ ישראל, ובפרט פעל לעודד יהודים לעלות לארץ ישראל.
הרב נסים הרבה לדבר על הקשר המיוחד בין עם ישראל לארצו, וכך אמר באחד מנאומיו בקשר לפרשת שלח: "בנוגע לארץ ישראל אין הראיה או השמיעה מספקים, כי יש בה משהו שאין העין יכולה לראותו והאוזן לשמעו, טמיר הוא ונעלם ומסור ללב ולנפש. וזה מכוון כלפי אלה רוצים להצדיק מעשיהם שאינם עולים לארץ ישראל בכך, שתנאי הארץ קשים, קיים בה מחסור, על האדם לעמול קשה כדי להשיג מחייתו וכיוצא מדברים כאלה שאמרו המרגלים. ואף על פי שלכאורה יתכן שיש בדבריהם משהו מן האמת, אבל לגבי ארץ ישראל אין זאת אמת ודיבה היא […] התורה, ארץ ישראל ועם ישראל הם, אפוא, חד וכל דבר קשור בחברו".
הרב נסים נתן להשקפתו ביטוי הלכתי כאשר פסק בשנת תשכ"ד כי תנועות נוער ציוניות רשאיות לחנך נוער יהודי ולהכשירו לעלייה לארץ גם נגד רצון ההורים, ובלבד שחינוך הנוער יהיה לפי מסורת ישראל, שהרי גם ההורים עצמם מחויבים במצוות ישיבת ארץ ישראל.
גם במסעותיו אל קהילות ישראל בתפוצות קרא הרב נסים ליהודים לעלות לארץ ישראל ולהשתקע בה, ונספר בהקשר הזה על ביקורו בארצות הברית באייר תשכ"ח.
כבר ערב נסיעתו לארצות הברית הכריז הרב נסים על מטרת נסיעתו: "לראות אחי במרכז היהודי הגדול ביותר" ו"להודיעם חובתם להחזיק באמונת אבותינו ולבשרם על ראשית התגשמות דברי הנביאים".
הרב נסים שהה בארצות הברית כחודש ימים, ובו נפגש עם יהודים מכל הקהילות והזרמים, רבנים ומנהיגים, סטודנטים ובני ישיבות, ושוב ושוב קרא ליהודים לעלות לארץ ישראל.
באחת מהופעותיו לא היסס הרב נסים ופנה אל הרב יוסף דב סולובייצ'יק, אחד הרבנים והמנהיגים הבולטים של יהודי ארצות הברית ואמר לו: "הרב יעלה ויבוא, ואחריו יקומו תלמידיו ויעלו", ודבריו אלה התקבלו בתשואות הקהל.
כשהציעו לרב נסים להיפגש עם האדמו"ר מחב"ד, שהיו ביניהם קשרי ידידות, התנה הרב נסים את הסכמתו בכך שרב גדול זה "יבוא לפחות לבקר בישראל ואפילו ליום אחד, לנשק את אבני הכותל, ולהתפלל ולתת שבח לריבון העולמים במקום שלא זזה השכינה ממקומה", ומשלא נענתה בקשתו סירב ללכת לפגישה.
ונסיים בדברי הרב בביקור בישיבה יוניברסיטי בכינוס לכבוד יום ירושלים: "גם לכם חלק בנצחונה של ישראל במלחמת ששת הימים […] בוא עתה והתנחלו בחלקכם בארץ […] באתי להביא לכם, אחים יקרים, את בשורת גאולתה ואת קריאתה אליכם […] החובה והאחריות על כל אחד מכם היא העליה".
